8 августа 1937 года власти арестовали отца Елисея, и он был заключен в Таганскую тюрьму в Москве.
— Что вас заставило стать церковнослужителем? — спросил его следователь.
— Первая причина — это мое собственное желание, а во-вторых, я еще с детства ощущал в себе призвание быть церковнослужителем и любил богослужение.— Какие политические соображения у вас имелись при перемене вами образа и рода службы?
— При открытии церкви в поселке Немчиновка я по просьбе прихожан стал церковнослужителем, так как я и раньше был религиозен, и хотя и был в то время на советской работе, а дал свое согласие служить в церкви, так как это соответствовало моему желанию.— Следствием установлено, что вы занимались контрреволюционной агитацией, дайте по этому поводу показания.
— Хотя я человек не вполне лояльный к советской власти, но антисоветской агитацией не занимался.— Следствием установлено, что вы в 1933 году при закрытии церкви в поселке Немчиновка оказывали активное сопротивление. Дайте по этому поводу свои показания.
— В период закрытия церкви я никакой агитации не вел, а действовали мы вполне организованно, проводя собрания верующих, на которых обсуждался вопрос сохранения церкви; ходатайствуя перед Моссоветом, мы в течение двух недель церковь не закрывали.— Свидетель обличает вас в том, что вы в беседе с ним в декабре 1936 года вели контрреволюционную агитацию, предрекая гибель советской власти. Почему вы это скрываете от следствия?
— В декабре 1936 года я с этим свидетелем не встречался и каких-либо контрреволюционных разговоров не вел.— Какие у вас имелись разговоры в отношении политики существующего строя?
— Вопросы политики меня не интересуют, и каких-либо разговоров политического характера я ни с кем никогда не вел.— Свидетель уличает вас в том, что вы в его присутствии высказывали свое мнение о несостоятельности советского строя в августе 1936 и в июле 1937 года. Почему вы это скрыли от следствия?
— С этим свидетелем у меня таких разговоров не было, хотя я с ним и встречался, но эти встречи были в 1933 году.— Другой свидетель показал, что вы агитировали его в день 1 мая не ходить на первомайскую демонстрацию, а идти лучше в церковь.
— Этого свидетеля я знаю, встречи у меня с ним были, но каких-либо разговоров с ним у меня не было.— Тот же свидетель уличает вас в том, что вы в его присутствии вели пораженческую агитацию, предсказывая гибель советской власти.
— Опять повторяю, что бесед у меня с ним никогда не было, в частности и тех, о которых он показывает.— Признаете ли себя виновным в контрреволюционной деятельности? — в заключение допроса спросил следователь.
— Виновным себя в каком-либо контрреволюционном преступлении я не признаю, — ответил диакон Елисей.19 августа 1937 года тройка НКВД приговорила его к расстрелу.
Диакон Елисей Штольдер был расстрелян 20 августа 1937 года и погребен в безвестной общей могиле на полигоне Бутово под Москвой.
Составитель игумен Дамаскин (Орловский). «Жития новомучеников и исповедников Российских ХХ века Московской епархии. Июнь-Август» Тверь, 2003 год, стр. 121−125.