В августе 1937 года следователь вызвал одного из жителей Кунцево, некоего Александра Ивановича, и предложил ему дать показания на священника Николая Гаварина. Свидетель был со священником незнаком и отказался от подлой роли, и тогда следователь пустился в длинные рассуждения о современном политическом положении и задачах коммунистической партии, которая одной из первых задач поставила посадить всех попов. «То, что ты здесь покажешь, — заключил следователь, — об этом никто не будет знать, и на суд тебя вызывать не будут». Затем следователь вручил свидетелю чистые бланки протоколов допросов, чтобы тот заполнил их дома. Бланки свидетель взял, но не заполнил их, и не зная, чем заполнять, и боясь ответственности. Следователь, видя, что свидетель не торопится прийти к нему с показаниями, два раза заходил к нему на квартиру сам, но тот, избегая встречи, прятался от него. Тогда следователь снова вызвал его, а также одного из его приятелей, некоего Илью Тимофеевича, в районный отдел НКВД. Первым он позвал к себе в кабинет Александра Ивановича. Дал ему бланки протоколов допросов и предложил заполнить их собственноручно. Увидев через некоторое время, что свидетель ничего не пишет, следователь составил небольшой конспект и на основании этого конспекта предложил свидетелю написать показания. Когда протокол был написан, следователь прочитал его, но он ему не понравился, и, разорвав его, он сам заполнил бланк протокола допроса и потребовал, чтобы свидетель его подписал, что тот, наконец, не читая, и сделал. Затем следователь позвал к себе Илью Тимофеевича, которому также предложил подписать заранее написанные протоколы «свидетельских показаний». Увидев на его лице колебание, следователь стал его убеждать, что в этом ничего страшного нет, и сослался на бывшего тут только что Александра Ивановича, и таким образом убедил и его подписать, не читая, протокол. Впоследствии, когда следователю понадобились лжесвидетельства против других людей, он, зайдя к Илье Тимофеевичу домой, попросил его подписать еще три пустых бланка протоколов, что тот и сделал.
Той же осенью оба лжесвидетеля случайно встретили на улице следователя, и тот предложил им дойти до села Ново-Ивановского, где, по его словам, ему нужно было кое-кого допросить, и те согласились. Когда они пришли в село, следователь попросил лжесвидетелей подождать его, а сам вошел в здание клуба. Выйдя оттуда через некоторое время, он вручил лжесвидетелям в награду за оказанные ими услуги спиртное, но сам пить с ними не стал и ушел. Для более эффективного ведения дел следователь привлек к следственному процессу председателя Ново-Ивановского сельсовета, который согласился вместе со следователем писать протоколы допросов от лица лжесвидетелей, как хорошо знавший людей, проживающих в этом районе. Следователь сначала составлял конспект об антисоветской и антигосударственной деятельности подозреваемого, потом писал протоколы, а затем вызывал того, от чьего лица протоколы были написаны, а председатель сельсовета — тех, за кого он писал протоколы. Так в течение короткого времени они вдвоем составили более полусотни протоколов показаний лжесвидетелей.
На основании подобного рода лжесвидетельств 29 августа 1937 года священник Николай Гаварин был арестован и заключен в Таганскую тюрьму в Москве.
— Беседовали ли вы со Штольдером на политические темы? — спросил священника следователь.
— Мы беседовали о церковных делах, как сейчас нам, священнослужителям, живется плохо при советской власти. Говорили о газетных новостях, об испанских событиях, выражая сомнения, что испанские войска победят фашистов, которые сильны своим вооружением.
— Значит, вы находились на стороне фашистских войск?
— Я этого не могу сказать: мы считали, что фашистские войска сильны своей техникой и организованностью; кроме того, им помогают такие сильные государства, как Германия и Италия.
— Расскажите о своих антисоветских разговорах, которые вы вели вместе со Штольдером.
— Мы беседовали о том, что советская власть неправильно делает, что закрывает церкви, устраивает гонения на церковнослужителей, давит налогами.
— Расскажите о содержании антисоветских бесед подробнее.
— Не могу. Забыл.
— Расскажите о вашем отношении к советской власти.
— Мое отношение к советской власти отрицательное. Я не могу помириться с советской властью за те притеснения, которые мы терпим.
— Следствием установлено, что вы состояли в контрреволюционной террористическо-повстанческой группе и вели активную агитацию против советской власти, членов советского правительства и вождей коммунистической партии. Дайте показания по этому вопросу.
— Я был недоволен советской властью по вопросу ее отношения к религии и к нам, священнослужителям. Но в контрреволюционной группе я не состоял.
15 сентября 1937 года тройка НКВД приговорила отца Николая к десяти годам заключения в исправительно-трудовой лагерь, и он был отправлен в Ухтпечлаг. В это время некоторые родственники осужденных вместе со священником стали жаловаться на неправый приговор, доказывая их невиновность; было затеяно новое следствие и передопрошены свидетели, которые поначалу держались прежних показаний, боясь ответственности за лжесвидетельство, а затем все же заявили, что они оболгали людей. Новое расследование, произведенное в 1939 году, вынуждено было признать, что все приговоренные по делу были осуждены неправо. Однако в силу того, что перед безбожниками верующие люди, и тем более священнослужители, оставались все теми же врагами коммунистической власти, приговор относительно них отменен не был.
Священник Николай Гаварин скончался в Ухтпечлаге 24 апреля 1938 года и был погребен в безвестной могиле.