После революции на вопросы анкеты для служителей религиозного культа он отвечал так: «В каких организациях состоите теперь или каким сочувствуете?» — «Ни в каких, кроме религиозных, коим и сочувствую». — «Ваше отношение к декрету об отделении Церкви от государства и школы от Церкви». — «Первому сочувствую, а второму нет». — «Ваше отношение к советской власти». — «Подчиняюсь».
22 марта 1938 года отца Василия арестовали по обвинению в антисоветской агитации, и он содержался в Таганской тюрьме. На основании показаний четырех свидетелей ему инкриминировались следующие высказывания: «Всякая власть должна быть от Бога, а большевики самовольно захватили власть»; «Из Священного Писания видно, что власть, захваченная самозванцами, долго существовать не может, так и советской власти скоро придет конец»; «Большевики говорят, что не хотят войны, а вооружаются»; «При старом строе люди жили лучше»; «Советская власть гонит Церковь, арестовывает и расстреливает православных»; «Скоро опять откроют все церкви, потому что большевики чувствуют гибель своей власти. Придет управлять страной Царь, тогда опять будем жить хорошо» и другие.
На допросах и очной ставке отец Василий виновным себя не признал. Подтвердил лишь, что говорил: «Раньше жили лучше, а теперь, при советской власти, везде и всюду создаются очереди… Большевики только говорят, что всего много, а на самом деле ничего нет».
Из материалов следственного дела видно, что отец Василий, помимо служения в храме, окормлял прихожан на дому. Свидетели показали, что у него на квартире часто бывали верующие, с которыми он беседовал и для которых «устраивал религиозные обряды».
7 июня 1938 года тройка НКВД приговорила отца Василия к расстрелу. Протоиерей Василий Смирнов был расстрелян 1 июля 1938 года и погребен в безвестной общей могиле на полигоне Бутово под Москвой.