С 1931 года, продолжая служить в храме, отец Владимир исполнял должность счетовода в редакции журнала Московской Патриархии. В 1935 году журнал был закрыт, и отец Владимир был оставлен при Патриархии продавцом, отвечающим за продажу церковных предметов, и проработал здесь еще год.
21 февраля 1938 года архиепископ Сергий (Воскресенский), викарий Московской епархии, предложил архимандриту Владимиру быть духовником митрополита Сергия (Страгородского) и своим, но это не осуществилось — 27 февраля 1938 года архимандрит Владимир был арестован и заключен в можайскую тюрьму.
7 марта 1938 года тройка НКВД приговорила его к расстрелу, и он был переведен в Таганскую тюрьму в Москве. Архимандрит Владимир (Волков) был расстрелян 25 марта 1938 года и погребен в безвестной общей могиле на полигоне Бутово под Москвой.